Hay determinadas propiedades que diferencian las distintas proteínas. El procesamiento del suero determina qué clase de fracciones protéicas podemos encontrar en él. La función biológica de las proteínas es mucho más importante que la de ser un macronutriente para construir tejido, estando implicada en inmunerables procesos metabólicos, fundamentalmente en la inmunidad.

En el ribosoma, al iniciarse la síntesis protéica, se van secuenciando los aminoácidos que se unen formando péptidos mediante enlaces. La posición, el número y la clase de aminoácidos forman la estructura primaria. Estos péptidos, van enrollándose sobre sí, y conformándose en el espacio en dos disposiciones: a-hélice y configuración beta (zigzag). Esto es la estructura secundaria. A su vez, esta estructura plegada de aminoácidos se enrolla sobre sí misma, formando la estructura terciaria que da forma a la proteina y que es la configuración nativa.

Si se rompen los enlaces que forman esa estructura enrollada sobre sí misma (por variaciones del ph, calor…), la proteína pierde la estructura terciaria, perdiéndo con ello la función biológica. Esto es lo que se llama desnaturalización. Muchas fracciones protéicas se pierden en algunos procesos de filtración, como es el caso de la coagulación del concentrado de suero y del intercambio iónico por alteraciones del PH, destruyéndose el plegamiento de las proteínas. Varias de estas fracciones protéicas (lactoferrina, glicomacropéptidos, alfalactoalbúminas, inmunoglobulinas, albúmina sérica bovina y betalactoglobulina) que se han perdido en nuestra alimentación debido al procesamiento industrial de los lácteos han demostrado fortalecer el sistema inmune, combatir infecciones y destruir células tumorales.

Hidrolizado de suero (hydrolized whey): En este proceso se rompen las cadenas protéicas y sólo quedan péptidos, más o menos largos según el grado de hidrólisis. Una proteína como la a-lactoalbúmina está formada por 123 aminoácidos y otra como la albúmina por 523. Obviamente, estas fracciones, con propiedades inmunomoduladoras, antibacterianas, antivíricas, antimicóticas, etc, se pierden. No existen pruebas de que el hidrolizado sea superior en cuanto al rendimiento deportivo. Otro aspecto negativo es que el hidrolizado es la proteína que más aditivos artificiales presenta para tratar de mejorar el sabor, aunque por otro lado, es la proteina con menor presencia de metales pesados y xenobióticos.

Concentrado de suero (whey concentrate): Se obtiene por coagulación, calentando la proteína a altas temperaturas (190º) y obteniendo el cuajo. Es el proceso más barato de obtención de proteína, y el primero que se empezó a usar. Hay que destacar la presencia de colesterol oxidado por las altas temperaturas (oxicolesterol) que es el colesterol dañino para las arterias, relacionado directamente con el endurecimiento y la placa de ateroma. El porcentaje de proteína suele ser del 80%, siendo alto en lactosa. Hay que remarcar que no existen pruebas de que las proteínas desnaturalizadas sean menos anabólicas que las obtenidas por procesos que no las desnaturalizan. Pueden perder funciones biológicas implicadas en importantes funciones celulares, pero continúan estando formadas por los mismos aminoácidos necesarios para la síntesis protéica.

Concentrado de suero procesado en frío (cold processed whey concentrate): Utiliza un proceso de microfiltración que no desnaturaliza las proteínas. El porcentaje de proteína suele ser del 80%, siendo alto en lactosa, sin embargo, con el procesado en frío mantiene intactas las fracciones protéicas. En general, es la mejor opción calidad/precio.

Aislado de suero por intercambio de iones (ion exchange): Con este método se alcanzan los valores más altos de proteína por gramo sin prácticamente lactosa, grasa o colesterol. Sin embargo, el proceso químico usado para su obtención, produce alteraciones en el ph desnaturalizando buena parte de las proteínas, como la lactoferrina o inmunoglobulinas, resultando el porcentaje final de las fracciones protéicas hasta un 70% B-lactoglobulinas, que no se alteran por el cambio de ph. Este porcentaje en b-lactoglubulinas es mayor que en el caso del CFM.

Aislado micro o ultrafiltrado a baja temperatura (CFM): Utiliza un filtro cerámico con poros de tamaño variable que no desnaturaliza las proteínas. La b-lactoglobulina ocupa alrededor del 50% y la lactoferrina es siempre